企业年金，是指企业及其职工在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险制度。建立企业年金，应当按照《企业年金试行办法》的规定执行。《企业年金试行办法》规定，企业缴费每年不超过本企业上年度职工工资总额的十二分之一。企业和职工个人缴费合计一般不超过本企业上年度职工工资总额的六分之一。企业年金基金由下列各项组成：企业缴费；职工个人缴费；企业年金基金投资运营收益。在企业年金的运作和管理方面，《企业年金试行办法》第十条规定，企业年金基金实行完全积累，采用个人帐户方式进行管理。企业年金基金可以按照国家规定投资运营。企业年金基金投资运营收益并入企业年金基金。
关于企业年金的个人所得税计算处理，涉及以下几个方面：
1.年金单独征税
《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号）规定，企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除。企业年金的企业缴费计入个人账户的部分（以下简称企业缴费）是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。
举例：某公司于2012年建立了企业年金制度，职工张某1月份工资为3400元，单位当月为其缴纳企业年金200元。计算张某应缴纳个人所得税=200×3%=60（元）。
《国家税务总局关于企业年金个人所得税有关问题补充规定的公告》（国家税务总局公告2011年第9号）“关于企业为月工资收入低于费用扣除标准的职工缴存企业年金的征税问题”规定，企业年金的企业缴费部分计入职工个人账户时，当月个人工资薪金所得与计入个人年金账户的企业缴费之和未超过个人所得税费用扣除标准的，不征收个人所得税。个人当月工资薪金所得低于个人所得税费用扣除标准，但加上计入个人年金账户的企业缴费后超过个人所得税费用扣除标准的，其超过部分按照规定缴纳个人所得税。
举例：某公司于2012年建立了企业年金制度，职工张某1月份工资为3400元，单位当月为其缴纳企业年金200元。计算张某应缴纳个人所得税=（200-100）×3%=30（元）。
2.企业年金的退税
《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号）规定，对因年金设置条件导致的已经计入个人账户的企业缴费不能归属个人的部分，其已扣缴的个人所得税应予以退还。具体计算公式如下：应退税款=企业缴费已纳税款×（1－实际领取企业缴费／已纳税企业缴费的累计额）。
参加年金计划的个人在办理退税时，应持居民身份证、企业以前月度申报的含有个人明细信息的《年金企业缴费扣缴个人所得税报告表》复印件、解缴税款的《税收缴款书》复印件等资料，以及由企业出具的个人实际可领取的年金企业缴费额与已缴纳税款的年金企业缴费额的差额证明，向主管税务机关申报，经主管税务机关核实后，予以退税。
3.企业年金的补税
（1）《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号）第五条规定，本通知下发前，企业已按规定对企业缴费部分依法扣缴个人所得税的，税务机关不再退税；企业未扣缴企业缴费部分个人所得税的，税务机关应限期责令企业按以下方法计算扣缴税款：以每年度未扣缴企业缴费部分为应纳税所得额，以当年每个职工月平均工资额的适用税率为所属期企业缴费的适用税率，汇总计算各年度应扣缴税款。
（2）《国家税务总局关于企业年金个人所得税有关问题补充规定的公告》（国家税务总局公告2011年第9号）“关于以前年度企业缴费部分未扣缴税款的计算补税问题”规定，《通知》第五条规定的企业缴费部分以前年度未扣缴税款的，按以下规定计算税款：将以前年度未扣缴税款的企业缴费累计额按所属纳税年度分别计算每一职工应补缴税款，在此基础上汇总计算企业应扣缴税款合计数。在计算应补缴税款时，首先应按照每一职工月平均工资额减去费用扣除标准后的差额确定职工个人适用税率，然后按照《通知》第五条规定计算个人实际应补缴税款。
职工月平均工资额的计算公式：职工月平均工资额=当年企业为每一职工据以计算缴纳年金费用的工资合计数÷企业实际缴纳年金费用的月份数。上式工资合计数不包括未计提企业年金的奖金、津补贴等。
职工个人应补缴税款的计算公式：纳税年度内每一职工应补缴税款＝当年企业未扣缴税款的企业缴费合计数×适用税率－速算扣除数。上式计算结果如小于0，适用税率调整为5%，据此计算应补缴税款。（注：2011年9月1日后应调整为3%）
举例：A公司2011年1月建立了企业年金制度，但没有代扣代缴个人所得税。2012年3月A公司进行了专项的税务自查，其中员工李某2011年月平均工资额为23500元，公司全年共为其缴纳企业年金4000元，计算李某应补缴的个人所得税。
解析：（1）确定适用税率，20000元（23500－3500）的适用税率为25%，速算扣除数为1005元。（2）应补缴的个人所得税＝4000×25%－1005＝-5（元）。实际应补缴税额＝4000×3%＝120（元）。
企业应补扣缴个人所得税合计数计算公式：企业应补扣缴税额＝∑各纳税年度企业应补扣缴税额。各纳税年度企业应补扣缴税额＝∑纳税年度内每一职工应补缴税款。
