秘书处部门设置
办公室研究提出协会年度工作计划；协调协会内部工作运转，检查督促工作事项的落实；负责理事会、常务理事会的日常事务和会议组织；负责行业重大事项及综合性事务与地方协会的沟通；组织起草有关重要报告和综合性会议的领导讲话；负责行业宣传和新闻发布工作；负责协会文电、保密、信访、档案管理、文印等工作；负责协会领导秘书事务。
考试部（财政部注册会计师考试委员会办公室）研究完善执业资格考试制度和管理体系；组织实施全国注册会计师统一考试及其他行业相关测试。
注册部研究完善行业注册、年检和管理制度；组织行业执业注册会计师的注册和任职资格检查工作；建立并实行会员注册登记制度；负责会员维权和推动行业会员参政议政工作。
继续教育部明确加强行业人才培养工作的指导思想和总体思路，确保指导思想和总体思路的贯彻执行；充分调动各方力量，全面提升继续教育水平；积极开拓人才培养途径，大力培养高层次行业人才；提升注册会计师专业方向教育质量，培养注册会计师行业高质量的后备人才队伍；加强培训工作的理论指导和制度保障。
业务监管部研究建立和完善行业执业质量检查制度体系；负责行业职业道德和执业质量监督、检查、调查、惩戒工作。
专业标准与技术指导部研究并统筹规划执业准则体系（包括职业道德规范）；负责执业标准的拟订和解释工作；研究国际组织和各国执业准则及相关专业理论与实务；负责专业技术咨询、指导工作；负责与相关国家或地区的职业组织的准则等效谈判。
研究发展部规划组织行业发展研究工作；组织行业发展理论和政策的调查研究，提出行业发展的理论和政策建议；组织行业相关法律研究；跟踪研究国内外行业建设与发展动态，开展相关协调工作；组织起草行业发展规划；负责协会重要报告和文件的起草。
国际及港澳台事务部负责行业对外交往活动；办理协会外事活动有关事宜；负责处理港澳台地区有关事务。
财务部负责协会内部财务会计工作；指导行业财务会计工作。
期刊编辑部负责《中国注册会计师》杂志的采编及出版等工作。
信息技术部研究规划和协调行业计算机广域网络和局域网络系统的建设和管理；负责行业管理数据库的建设和技术保障工作；组织专业软件和技术的研究、开发和推广；负责行业信息技术水平和协会办公自动化程度的提高。
人事部规划协会人力资源的开发、配置；按照国家和财政部人事教育政策，拟订有关管理制度；负责员工的考核、培训和管理工作。
党办负责指导行业党组织扎实推进行业党建各项工作；具体办理协会党建各项工作任务。
服务部负责协会后勤服务及安全保卫工作；负责协会物业管理及固定资产管理；负责协会出版物的出版发行工作；负责为会员提供协会出版物的征订、发行和赠阅工作。
